O estabelecimento de protocolos com instituições de investigação, de formação ou responsáveis por acervos e colecções patrimoniais é fundamental para optimizar recursos e potenciar meios disponíveis. Permitem construir parcerias sinérgicas em prol do estudo, preservação, conservação, valorização, qualificação e divulgação do património cultural móvel.

Na área da conservação e restauro eles têm especial importância pois traduzem-se na oferta de estágios curriculares, na candidatura e desenvolvimento de projectos de investigação conjuntos co-financiados. Permite ainda rentabilizar equipamento laboratorial através do seu acesso partilhado. Assim, para além daqueles protocolos anteriores à criação do IMC e que se encontram em vigor, foram estabelecidos novos protocolos com outras entidades tendo em vista garantir a continuidade dos estágios, de acções de formação e do apoio em projectos, nomeadamente ao nível da conservação preventiva.