A Casa-Museu Dr. Anastácio Gonçalves é um lugar onde se lembra o coleccionador Anastácio Gonçalves através das diversas obras aí expostas. Esta colecção reunida pelo Dr. Anastácio Gonçalves compreende cerca de 2000 obras de arte que se distribuem por três grandes núcleos: pintura portuguesa dos séculos XIX e XX, porcelana chinesa e mobiliário português e estrangeiro. Existem ainda importantes secções de ourivesaria civil, pintura europeia, escultura portuguesa, cerâmica europeia e oriental, têxteis, numismática, medalhística, vidros e relógios de bolso de fabrico suíço e francês. Para além das obras reunidas pelo coleccionador,  a Casa-Museu encerra ainda um núcleo de pintura contemporânea portuguesa e um número significativo de objectos pertencentes ao espólio do pintor Silva Porto.

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O Museu da Música possui uma das mais ricas coleções da Europa com cerca de 1000 instrumentos musicais, na sua maioria de origem europeia, séculos XVI a XX, de tradição erudita e popular, alguns deles classificados como Tesouros Nacionais. O Museu é particularmente notável pela quantidade e qualidade dos instrumentos de factura portuguesa, como o cravo de Joaquim José Antunes (1758), os violinos e violoncelos de Joaquim J. Galrão, as guitarras de D. J. Araújo e as flautas da família Haupt. Pelo seu valor e raridade merecem ainda destaque outros instrumentos, como o cravo de Pascal Taskin construído em 1782 para o Rei D. Luís XVI de França, o piano (Boisselot & Fils) que Franz Liszt trouxe de França em 1845, o oboé de Eichentopf, os cornes ingleses de Grenser e de Grunman & Floth ou o violoncelo de António Stradivari que pertenceu e foi tocado pelo rei D. Luís. Além de instrumentos, o Museu integra ainda vários espólios documentais e coleções fonográficas e iconográficas.

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O Museu de Arte Popular (MAP) foi o primeiro museu português a apresentar uma museografia integralmente moderna, ocupando um singular estatuto enquanto testemunho da história da estética europeia da 1ª metade do século XX. O MAP encerra um discurso expositivo muito próprio, do qual se destaca o design modernista, as soluções cenográficas, o diverso mobiliário expositivo e a decoração mural em todas as suas salas.

Colecção de Arte Contemporânea Portuguesa de 1850 à actualidade (pintura, escultura, desenho, vídeo, fotografia, instalação).

O Museu do Chiado dá especial relevo às exposições temporárias que se centram em retrospectiva de artistas proeminentes do séc. XX português, bem como de protagonistas da contemporaneidade. A colecção do Museu é regularmente apresentada por segmentos temáticos ou cronológicos em abordagens renovadas.

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Fruto de muitas acumulações, o acervo inclui obras de arte de diversa tipologia e cronologia. Aos objectos e suportes figurativos originalmente destinados a práticas litúrgicas (pintura, escultura, ourivesaria e marfins, do Românico ao Barroco), maioritariamente provenientes da Catedral e de igrejas da região, acrescem peças de arqueologia, uma colecção importante de pintura portuguesa dos séculos XIX e XX, exemplares de faiança portuguesa, porcelana oriental e mobiliário. Mas a colecção principal do Museu é constituída por um conjunto notável de pinturas de retábulo, também provenientes da Catedral, de igrejas da região e de depósitos de outros museus, da autoria de Vasco Fernandes (c. 1475-1542), o Grão Vasco, de colaboradores e contemporâneos.

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O Museu Monográfico de Conímbriga tem como missão tutelar as Ruínas, promover a sua exposição ao público e prosseguir a investigação arqueológica; o seu acervo é exclusivamente composto pelos materiais arqueológicos recolhidos na cidade.
A actual exposição permanente apresenta os objectos de uso quotidiano, dispostos por tema, evoca o forum monumental, a riqueza das domus, a pujança do seu comércio, a religião e crendices da população romanizada e a presença suevo-visigótica.
Os mosaicos, preservados in situ, constituem uma grande e importante colecção muito apreciada pelos visitantes.
A Casa dos Repuxos, possui uma área pavimentada de mosaico com 569 m2, importantes vestígios de pintura mural, um peristilo central ajardinado com um lago e jogos de água que o tornam único.

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O Museu Nacional de Arqueologia (MNA), tem colecções muito vastas e foi concebido pelo seu fundador, José Leite de Vasconcelos, como um “Museu do Homem Português” que “procura reunir elementos materiais que concorram para o conhecimento total da vida do homem... tudo o que defina caracteristicamente o nosso povo”.
Ao longo da sua história, o MNA acumulou um notável acervo, distribuído por núcleos muito diversificados: arqueologia, etnografia, ourivesaria, numismática e medalhística, epigrafia pré-latina e latina, escultura, documentação escrita, mosaicos, antropologia física, etc., núcleos a que se acrescentam as notáveis «colecções comparativas» estrangeiras, arqueológicas e etnográficas, (com destaque particular para as do Antigo Egipto e da Casa Real portuguesa), e diversos legados e doações.
A parte principal do seu acervo é, no entanto, constituída por vastíssimas colecções de Arqueologia portuguesa dos períodos pré e proto-histórico, romano, árabe e medieval.

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Vasta colecção de arte europeia, incluindo a mais completa colecção de arte portuguesa, da pintura à escultura, da ourivesaria ao mobiliário, cerâmica, têxteis e outras artes decorativas que nos conduzem das formas artísticas da Idade Média ao início do século XIX. Apresenta igualmente um notável conjunto de objectos de arte ornamental da África, Índia, China e Japão, significativos do relacionamento de Portugal com essas culturas, num percurso de vários séculos.

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O acervo do Museu Nacional de Etnologia reúne um total aproximado de 35 000 objectos oriundos de diversas partes do Mundo embora as colecções mais representativas sejam as de Portugal, continental e insular, e as do antigo Ultramar Português. Estes objectos foram em grande parte obtidos em recolhas organizadas pelo próprio museu ou por este solicitadas. Em muitos casos, eles foram ainda adquiridos a coleccionadores particulares ou resultaram de doações de pessoas ou entidades públicas e privadas.
As Galerias da Vida Rural contemplam os núcleos constituídos pelas colecções ilustrativas dos temas da agricultura, pastoreio, tecnologias tradicionais e equipamento doméstico na sociedade rural em Portugal. A maior parte dos objectos foi reunida sobretudo entre as décadas de 1960 e 1970, por Ernesto Veiga de Oliveira e Benjamim Pereira, elementos da equipa que, com Jorge Dias, Margot Dias, Fernando Galhano e outros investigadores, está na origem do Museu Nacional de Etnologia.
As Galerias da Amazónia reúnem artefactos provenientes de 40 povos da Amazónia, sobretudo brasileira, com destaque para as colecções constituídas em 1964-65 por Vítor Bandeira.
O MNE tem programada a abertura de uma exposição permanente, constituída por núcleos sujeitos a rotativadade, onde são expostas as colecções, estudadas através do programa intensivo de estágios que o museu tem promovido.

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As colecções espelham a riqueza da Igreja e a importância do mecenato régio às quais se devem muitas das suas obras de arte e alfaias religiosas de maior valia.
A escultura monocromática ou polícroma em madeira e pedra, ocupa lugar cimeiro, ilustrando com numerosas obras-primas o trabalho das melhores oficinas flamengas e também a evolução das escolas portuguesas da Idade Média ao século XVIII.
Não obstante, os núcleos de pintura, ourivesaria, cerâmica e têxteis impõem-se com igual importância e representatividade para a arte importada e a produção nacional.
Distinguem-se ainda as colecções arqueológicas provenientes da cidade e as de arte oriental.

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