O acervo do Museu de São Roque integra colecções de pintura, escultura, ourivesaria, iluminura, têxteis, relicários e frontais de altar do séc. XVI ao séc. XIX.
Integra igualmente o seu acervo o Tesouro da Capela de S. João Baptista, composto por peças de uso litúrgico, das quais se destaca a ourivesaria e paramentaria, executada por artistas italianos na primeira metade do séc. XVIII, em Roma.